Die DGfS entwickelt im Rahmen ihrer Mitarbeit bei der Arbeitsgemeinschaft der Wissenschaftlichen Medizinischen Fachgesellschaften e. V. (AWMF) medizinische Leitlinien. Diese Leitlinien dienen sowohl den Behandelnden als auch Betroffenen als Informationsquelle über den aktuellen Stand der Wissenschaft und Empfehlungen hinsichtlich therapeutischer Entscheidungen. Die folgenden Leitlinien sind unter Federführung oder Mitarbeit der DGfS entstanden:
Geschlechtsinkongruenz, Geschlechtsdysphorie und Trans-Gesundheit: Diagnostik, Beratung, Behandlung
https://www.awmf.org/leitlinien/detail/ll/138-001.html
Psychosomatisch orientierte Diagnostik und Therapie bei Fertilitätsstörungen
https://www.awmf.org/leitlinien/detail/ll/016-003.html
Varianten der Geschlechtsentwicklung
https://www.awmf.org/leitlinien/detail/ll/174-001.html
Kindesmisshandlung, -missbrauch, -vernachlässigung unter Einbindung der Jugendhilfe und Pädagogik (Kinderschutzleitlinie)
https://www.awmf.org/leitlinien/detail/ll/027-069.html